南京解放后的近50年中,總統(tǒng)府一直作為機關(guān)的辦公場所。自20世紀(jì)80年代以來,機關(guān)單位陸續(xù)搬遷,并于1998年在總統(tǒng)府舊址之上,開始籌建南京中國近代史遺址博物館。經(jīng)過精心的規(guī)劃和五年的建設(shè),至2003年已初具規(guī)模。目前,博物館總占地面積為9萬平方米,共分三個參觀區(qū)域。中區(qū)(中軸線)主要是國民政府、總統(tǒng)府及所屬機構(gòu);西區(qū)是孫中山的臨時大總統(tǒng)辦公室、秘書處和西花園,以及參謀本部等;東區(qū)主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列,則分布在這三個區(qū)域中。
今天,總統(tǒng)府正以諸多保存完好的近代中西建筑遺存,國內(nèi)獨一無二且厚重的歷史文化氛圍,珍貴的文物和史料,風(fēng)景優(yōu)美的自然環(huán)境,以及近30000平方米的休閑服務(wù)區(qū),熱情地歡迎來自全國和海內(nèi)外的佳賓。