琿春出口加工區于 2000年4月27日經國務院以國辦函[2000]37號文件正式批準設立了吉林琿春出口加工區，是國務院首批設立的全國15個出口加工區之一，也是全國14個沿邊開放城市中獲得批準的一家。國務院設立出口加工區實行“境內關外”管理模式旨在加強與完善加工貿易管理，規范海關對出口加工區的監管，促進出口加工區的健康發展，鼓勵外貿出口。出口加工區是經國家批準設立，由海關監管的特殊封閉區域。貨物從境內區外進出加工區視同進口和出口，海關按進出口貨物進行監管。出口加工區的功能比較專一，主要是開展出口加工業務，區內企業生產的最終產品，應基本上都是直接出口的。
根據延州發[2000]32文規定，琿春出口加工區管理委員會，本著精干、高效的原則，在琿春邊境經濟合作區加掛琿春出口加工區管理委員會的牌子，一套牌子，兩塊牌子，代表市政府對加工區經濟和行政事務實行統一領導和管理。出口加工區管委會主任由合作區管委會主任兼任。琿春出口加工區管理委員會依照國家法律、法規對出口加工區的規劃、建設、發展等行政、經濟各項事務實施管理。下設出口加工區管理局。出口加工區管理局是出口加工區的職能工作部門，主要負責出口加工區內的行政管理、業務管理、招商引資和綜合協調工作，是正科級建制。
2008年加工區內注冊企業數44戶，完成進出口總額11345萬美元（其中：進口5116萬美元，出口6018萬美元），同比增長224%。
經濟發展科：
1 負責編制經濟發展規劃和產業發展規劃，經批準后組織實施。
2 負責招商引資工作。篩選推出重點招商項目，參與項目洽談，提供政策咨詢。
3 負責進區項目的會審及審批。
4 根據上級有關部門的授權，負責進區內企業的進出口經營范圍的審批及報批。
5 負責進出口設備、貨物、物品及區內企業加工產品內銷的審批及廢品銷毀審批。
6 負責區內企業的投資跟蹤服務工作。
投資促進科：
1 負責全程為投資企業領辦、代辦項目相關審批手續。
2 負責客商咨詢工作，向客商介紹、說明投資審批所須前置要建的基本要求。
3 負責區內各企業統計資料的匯總，并上報有關部門。
4 負責區內企業的經營跟蹤服務及安全工作生產。
綜合管理科
1 根據海關總署《關于對出口加工區管理委員會權利、義務和責任的規定(討論稿)》制定具體管理措施。
2 負責對區內企業進行國家法律、法規和有關規定的宣傳教育。
3 根據國家有關政策對出口加工區實施行政管理。配合、支持海關監管和檢驗檢疫工作，協調區內各方關系。
4 負責對外宣傳工作。定期向管委會和上級有關部門報送信息負 責編寫出口加工區動態。
5 負責全局的黨務和全團工作以及文秘、檔案、后勤管理工作。
安檢中隊
1 負責區內公共建設設施管理和綠化工作，做好區內企業的物業管理。
2 配合公安、消防部門做好社會治安、安全防火等工作 。
3 配合海關做好車輛、貨物、人員進出卡口的檢驗 、放驗工作，并做好登記備案工作。
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